1. 15년 후
시간은 15년을 거슬러 2169년.
나비족의 족장이 된 제이크설리는 네이티리와 행복한 가정을 이루어 4명의 자녀를 두었습니다.
첫째 네테이얌, 둘째는 전편에서 사망한 그레이스박사의 아바타에서 태어난 키리를 입양, 셋째 로아크,막내 투크티리입니다. 그리고 15년전 판도라 행성에서 인간들을 내쫓을때 오랜기간 동면이 어려워 남겨진 스파이더도 함께 어울려 살고있습니다. 스파이더의 생부는 1편에서 나왔던 마일스 대령이고 생모는 누구인지 언제 태어났는지는 영화에서 나오지않습니다.
스파이더는 사람이지만 하는 행동은 완전한 나비족의 모습입니다.
키리 또한 그레이스박사의 아바타에서 태어났지만 생부가 누구인지는 나오지않습니다.
제이크는 가족들과 평화로운 나날을 보내는 와중에 판도라를 향해 빠르게 날아오는 우주선의 빛을 발견하며 불길한 예감에 휩싸이게됩니다. 제이크의 예상은 적중했습니다.
인류는 죽어가는 지구를 대신해 판도라에서 정착하기위해 다시 돌아오게됩니다.
판도라를 차기하기 위해서 가장 큰 걸림돌인 제이크를 제거하기 위해 마일스대령과 그의 부하들을 아바타로 부활시켜 숲 정찰을 보냅니다.
마일스대령팀은 정찰을 나가서 제이크의 아이들을 인질로 붙잡게됩니다.
제이크와 네이티리는 아이들을 구하기 위해 숲으로 가서 인간들과 맞서싸웁니다.
무사히 아이들을 구하지만 스파이더는 정찰대에 붙잡혀 인질로 끌려가게 됩니다.
제이크는 스파이더를 통해 모든것이 알려질것이 걱정되어 모두를 보호하기 위해 족장의 자리를 넘기고 부족을 떠나기로 결심합니다.
2. 메카이나 부족이 된다.
삶의 터전을 터난 제이크가족은 먼 길을 떠나 바다 부족인 메카이나 부족을 찾아가게됩니다.
같은 나비족이지만 다른 문화와 신체를 가진 제이크의 가족을 메카이나 부족은 탐탁치않게 여깁니다.
하지만 메카이나의 족장 토우와리는 이들을 자기의 부족과 함께하는 것을 허락합니다.
그렇게 제이크 부부와 아이들은 바다에서 수영하는 법을 배우는데 쉽지만은 않았습니다.
하지만 키리는 바다속에서 완벽하게 잠수를 선보이며 탈것에도 단번에 성공을 합니다.
족장의 아들은 키리를 비웃으며 기형이라고 놀리며 시비를 붙였습니다. 그모습을 참지못한 로아크와 네테이얌이 한데 엉켜 싸움을 합니다. 제이크의 명령으로 족장의 아들에게 사과를 하러간 로아크는 꾐에 빠져 금지구역으로 사냥을 하러 가게되고 괴물에게 쫓기게 되는 위기에 처하게 됩니다.
로아크는 숨을 참지 못하고 바다괴물에게 먹히려는 찰나에 툴쿤 덕분에 목숨을 구하게 됩니다.
툴쿤 덕분에 가족의 품으로 돌아온 로아크는 아들을 나무라는 토우와리에게서 아들 편을 들어주며 서로 친구가 됩니다.
마일스 대령은 스파이더를 앞세워 나비족들을 위협하지만 제이크를 찾지 못하자 메카이나 부족과 영혼을 함께나누는 사이인 툴쿤을 이용하여 잡으려고 생각합니다.
툴쿤 사냥꾼들은 툴쿤의 몸속에 있는 암리타라는 물질을 얻기 위하여 혈안이 되어있었습니다.
암리타는 인간의 노화를 완전히 막으며 약 8천만 달러의 가치를 지니고 있기 때문입니다.
3. 결말
로아크를 구해준 툴쿤 파야칸은 누명을 쓰고 부족에게서 쫓겨난 상태였는데 로아크와 교감을 통해 오해를 풀게됩니다.
로아크는 파야칸에게 피할것을 알려주려고 찾아나서고 다른 아이들은 그런 로아크를 뒤쫓아 나섭니다.
로아크가 파야칸을 발견했을땐 이미 인간들의 포위망에 걸린 후였습니다.
로아크와 아이들이 파야칸을 구하려는 모습을 마일스 대령이 망원경을 통해 지켜보며 아이들을 쫓기시작합니다.
파야칸에게 꽂힌 추적기를 극적으로 뽑고 도망치던 아이들은 결국 마일스 대령에게 잡히게 됩니다.
제이크에게 앙심을 품고 있던 마일스 대령은 아이들을 빌미로 제이크를 협박했고 아이들을 위하여 항복하려는 찰나 파야칸이 나타나서 부족을 도와줍니다.
그러면서 인간과 나비족의 전쟁이 시작됩니다.
스파이더가 기회를 포착해 배를 고장내는데 성공한 틈에 아이들은 탈출을 시도합니다.
네테이얌과 로아크가 스파이더를 탈출하는 도중 총상을 입은 네테이얌은 목숨을 잃게됩니다.
이어서 딸들을 붙잡고 협박하는 마일스 대령과 제이크는 목숨을 건 전투를 합니다.
배가 점점 가라앉아 가족들은 모두 바다 속으로 잠기게 됩니다. 바다속에서도 전투가 이어진 가운데 제이크는 마일스대령을 없애는데 성공합니다.
우여곡절끝에 모두 무사히 바다속을 빠져나온 가족들은 서로 부둥켜 안으며 안도와 슬픔의 눈물을 흘립니다.
그때 스파이더는 숨이 붙어있는 마일스대령을 발견하여 살려주고 함께 가자는 대령의 손을 뿌리치고 제이크의 가족 품으로 돌아갑니다.
부족민들은 목숨을 잃은 이들의 수중 장례를 치르고 네이티리와 제이크는 마지막으로 아들을 추억하며 더이상 도망가지 않겠다는 다짐을 하며 영화는 끝이 납니다.